Sejak akhir 1990-an, agen bakat Korea dan label rekaman SM Entertainment telah mengadakan audisi tahunan untuk menemukan bakat-bakat baru yang melengkapi keberhasilan kelompok pop H.O.T, S.E.S, dan Shinhwa, yang semuanya diciptakan oleh pendiri SM, Soo-Man Lee, di pertengahan 1990-an. Black Beat dan M.I.L.K adalah dua anggota pertama kelompok untuk direkrut pada tahun 2000 di bawah SM's Starlight Casting System di Seoul.
Pada tahun 2001, perusahaan pertama mereka di luar negeri mengadakan casting audisi dan menemukan Han Geng di Beijing, terpilih di antara tiga ribu pelamar.[1] Pada tahun yang sama, Yesung ditemukan pada Seoul's casting system bersama temanya, Shindong, Sungmin dan Donghae juga dipilih untuk menjadi trainee setelah penampilan mereka dalam sebuah kontes yang disponsori SM. Pada tahun 2002, Kang-In dan Kim Heechul direkrut bersama dengan Kibum, yang ditemukan di Los Angeles. Siwon di-casting pada tahun 2003 dan Ryeowook pada tahun 2004, di mana yang terakhir ini ditemukan melalui Chinchin Youth Festival.[2] Pada tahun 2005, Kyuhyun dipilih.
Tidak lama setelah boy band TVXQ debut pada tahun 2003, berita tentang rencana Lee yang belum pernah terjadi sebelumnya yaitu membentuk boy band lain dengan cepat menyebar di Internet. Pada awal 2005, Lee mengkonfirmasi berita dan mengumumkan bahwa boy band yang terdiri dari dua belas anggota akan melakukan debut di dekat akhir tahun, mempromosikan kelompok bernyanyi ini untuk menjadi "The Gateway of Stardom Asia."[3] Lee mengumumkan bahwa bahwa sebagian besar anggota dalam kelompok ini dipilih karena mereka telah berpengalaman tampil sebagai aktor, MC, model, dan host radio sebelum debut. Heechul dan Kibum telah berprofesi sebagai penghibur, dan sebagian besar anggota lain sudah membuat berbagai macam penampilan di televisi dan media.[4][5][6] yang sangat terinspirasi oleh konsep rotasi gadis Jepang grup Morning Musume, kelompok ini juga akan mengalami perubahan line-up, dengan anggota-anggota baru menggantikan beberapa anggota lama yang dipilih setiap tahun untuk menjaga grup ini tetap muda dan memiliki berbagai talenta. Konsep ini kemudian baru diperkenalkan ke pasar K-pop.
Untuk sementara kelompok itu dikabarkan akan bernama O.V.E.R, singkatan dari "Obey the Voice for Each Rhythm" (Patuhilah Suara untuk Tiap Irama).[7] Namun, sebelum nama ini diputuskan, SM hanya menyebut mereka sebagai Junior, yang berasal dari para anggota yang masih berusia muda ketika pertama kali menjadi SM trainee.[7] [2] Setelah para anggota memamerkan bakat mereka yang berbeda kepada perusahaan pada sebuah piknik. Kemudian perusahaan memutuskan meresmikan grup ini bernama Super Junior, generasi pertama dari Super Junior.[2]
Super Junior 05 membuat pra-debut mereka di saluran Korea M-net pada 11 September 2005. Pada acara itu, mereka melakukan berbagai gaya tarian hip hop. Mereka menampilkan tarian B2K. Han Geng, Eunhyuk, dan Donghae juga melakukan tarian dari lagu Usher, Caught Up. Namun penampilan mereka tidak disiarkan di televisi, hingga akhirnya pada 16 Mei 2006 disiarkan pada sebuah segmen di acara Super Junior Show.